Programma

Il corso si propone di fornire agli studenti:
Competenze culturali (Conoscenza di:) L' insegnamento si propone di fornire allo studente conoscenze di base relative alla termodinamica ed alla cinetica dei processi biologici, particolarmente in relazione con l’attività sperimentale in laboratorio.
Competenze metodologiche (Saper effettuare: ) acquisire ed utilizzare i dati sperimentali relativi allo studio di interazioni tra proteine e ligandi, cinetica enzimatica e cinetica di legame
Il programma si articola in:
1) Studio della interazione tra recettori e ligandi: metodi all’equilibrio e cinetica dei transienti
a) All’equilibrio (parametri termodinamici: Kd costante di equilibrio in dissociazione, cooperatività, numero di siti di legame)
b) Cinetica rapida (parametri cinetici: k costanti di velocità)
2) Studio della attività enzimatica: cinetica in stato stazionario
a) In Stato Stazionario (quando [ES] è pressochè costante durante l’osservazione sperimentale)
b) In presenza di inibitori
3) Spettroscopia ottica risolta nel tempo e cinetiche complesse
4) Spettroscopia di assorbimento, fluorescenza e dicroismo circolare

Testi Adottati

Libri di testo consigliati:
M. C. Bonaccorsi di Patti et al. Metodologie Biochimiche - Casa Editrice Ambrosiana
Ninfa/Ballou Metodologie di base per la Biochimica e la Biotecnologia - ed. Zanichelli
Reed et al. Metodologie di Base per le Scienze Biomolecolari- ed. Zanichelli
P. Silvestroni, Fondamenti di chimica - Casa Editrice Ambrosiana
D.M. Etter Introduction to MATLAB 7– Pearson Education, Inc.

Software da utilizzare
EXCEL (Office) oppure CALC (Open Office)* (per metodi lineari)
MATLAB (Mathworks) o OCTAVE (GNU Octave)* (per analisi spettri e metodi non lineari)
GEPASI (P. Mendes et al.)* oppure COPASI (Copasi dev. group)* (per reazioni complesse)
(*) indica free software

Saranno fornite dispense delle lezioni ed esercizi svolti

Il professore riceve tutti i giorni dalle 8.00 alle 9.00 o previo appuntamento via mail: giovanni.antonini@uniroma3.it

Modalità Erogazione

Il corso si svolgerà con lezioni frontali e con esercitazioni numeriche in aula con l'ausilio di PC e di programmi specifici (Excel / Matlab / Octave) Il corso potrà essere anche usufruito con modalità a distanza.

Modalità Valutazione

La prova pratica consisterà nella elaborazione di dati sperimentali utilizzando PC e programmi specifici. Saranno valutati sia il raggiungimento dei risultati corretti che la modalità di svolgimento dell’esercizio. Alla prova pratica sarà assegnata la metà del punteggio complessivo. La prova orale consisterà nella discussione con il docente sulla teoria alla base degli esperimenti di binding, di cinetica enzimatica e di cinetica di binding e sulle modalità di effettuazione di tali esperimenti. Saranno effettuate prove in itinere senza attribuzione di punteggio