L’obiettivo del corso di Microbiomica è acquisire conoscenze sulla struttura, la dinamica, l’evoluzione e le metodologie di studio di comunità dei microorganismi (microbiota) nella loro naturale complessità.
Il rapido progredire delle scienze omiche (genomica, trascrittomica, proteomica e metabolomica) affiancato al parallelo sviluppo di nuove tecnologie per il sequenziamento genico ad altra processività, l’analisi dell’espressione genica globale a livello sia di trascritti che di proteine, insieme alla possibilità di analizzare simultaneamente numerosi metaboliti ha reso possibile lo studio d’insieme di popolazioni microbiche complesse e diversificate e dei loro prodotti.
Il corso mira fare acquisire conoscenze sull’impatto del microbiota in agricoltura, nella produzione di cibo, e nella salute degli animali e dell’uomo.
Il rapido progredire delle scienze omiche (genomica, trascrittomica, proteomica e metabolomica) affiancato al parallelo sviluppo di nuove tecnologie per il sequenziamento genico ad altra processività, l’analisi dell’espressione genica globale a livello sia di trascritti che di proteine, insieme alla possibilità di analizzare simultaneamente numerosi metaboliti ha reso possibile lo studio d’insieme di popolazioni microbiche complesse e diversificate e dei loro prodotti.
Il corso mira fare acquisire conoscenze sull’impatto del microbiota in agricoltura, nella produzione di cibo, e nella salute degli animali e dell’uomo.
scheda docente materiale didattico
APPLICAZIONI: Tecnologie per il sequenziamento e NGS; Culturoma e chemiotassonomia; Preparazione e analisi dati sequenziamento; Filogenesi basata su 16S rRNA, 25-28S rRNA, ITS ecc.; Strumenti per analizzare la struttura e dinamica del microbiota: Whole Genome Sequencing (WGS) e Metagenomica shotgun; Banche dati, strumenti e pipelines analitiche (annotazioni); Resistoma; Viruloma ;Viroma.
APPROFONDIMENTI: esposizione di articoli monotematici sul microbiota dell’uomo, degli animali, delle piante, in relazione ad alterazioni fiso-patologiche. Articoli e rassegne monotematiche da riviste del settore saranno selezionati anno per anno.
Microbiota in health and disease: from pregnancy to childhood. Editors Pamela D. Browne, Eric Claassen and Michael D. Cabana Published: 2017 Pages: 344. eISBN: 978-90-8686-839-1 | ISBN: 978-90-8686-294-8 https://doi.org/10.3920/978-90-8686-839-1
The human microbiota: how microbial communities affect health and disease / edited by David N. Fredricks.
ISBN 978-0-470-47989-6
Mutuazione: 20410495 Microbiomica in Biologia per la ricerca molecolare, cellulare e fisiopatologica LM-6 VISCA PAOLO
Programma
ARGOMENTI DI BASE: Introduzione alla genomica dei procarioti ed alle sue tecniche di studio (sequenziamento, annotazione, contenuto famiglie geniche, duplicazioni e delezioni); Trasferimento genico orizzontale e mobiloma; Metagenomica; Trascrittomica e gene chips; Proteoma e interattoma; Metabolomica; Genomica di singole cellule; Biologia dei sistemi e salute; Manipolazioni genetiche – Espressione di geni eterologhi in batteri – Evoluzione dei genomi batterici; Filogenesi molecolare; Metodi di tassonomia microbica e concetto di specie; Classificazione dei procarioti; Analisi colturali di comunità microbiche; Colture di arricchimento; Isolamento di singole cellule; Pinze laser; Citometria a flusso; Tecniche microfluidiche; Sistemi high-throughput; Metodi di colorazione; Fluorescent in-situ hybridization (FISH); Metodi di amplificazione genica per l’analisi di comunità microbiche; Analisi su microarray della diversità genetica e funzionale di microorganismi; Genomica ambientale e metodi di studio; Misurazione di attività microbiche in natura; Esempi di simbiosi: licheni, sistemi polimicrobici intestinali (rumine); Generalità sul microbioma unamo; Microbiota gastrointestinale; Microbiota orale e delle vie aeree; Microbioti del tratto urogenitale e della pelle; Sviluppo ed evoluzione del microbiota umano; Studi sull’uomo ed in modelli animali; Colonizzazione, successioni microbiche e stabilità del microbiota intestinale; Patologie associate alla disbiosi intestinale; Patologie associate alla disbiosi del cavo orale, della pelle e del tratto genitale; Antibiotici, resistoma ed alterazioni indotte del microbioma; Probiotici e prebiotici; Microbiota e asse intestino-cervello.APPLICAZIONI: Tecnologie per il sequenziamento e NGS; Culturoma e chemiotassonomia; Preparazione e analisi dati sequenziamento; Filogenesi basata su 16S rRNA, 25-28S rRNA, ITS ecc.; Strumenti per analizzare la struttura e dinamica del microbiota: Whole Genome Sequencing (WGS) e Metagenomica shotgun; Banche dati, strumenti e pipelines analitiche (annotazioni); Resistoma; Viruloma ;Viroma.
APPROFONDIMENTI: esposizione di articoli monotematici sul microbiota dell’uomo, degli animali, delle piante, in relazione ad alterazioni fiso-patologiche. Articoli e rassegne monotematiche da riviste del settore saranno selezionati anno per anno.
Testi Adottati
"Brock biology of microorganisms" (Inglese) di Michael T. Madigan (Autore), Kelly S. Bender (Autore), Daniel H. Buckley (Autore), W. Matthew Sattley (Autore), David A. Stahl (Autore): capitoli 9.1-9.14; 12.1-12.5; 12.9; 12.11-12.13; 13.5-13.10; 19.1-19.12; 23.1; 23.12, 23.13; 24.1-24.11Microbiota in health and disease: from pregnancy to childhood. Editors Pamela D. Browne, Eric Claassen and Michael D. Cabana Published: 2017 Pages: 344. eISBN: 978-90-8686-839-1 | ISBN: 978-90-8686-294-8 https://doi.org/10.3920/978-90-8686-839-1
The human microbiota: how microbial communities affect health and disease / edited by David N. Fredricks.
ISBN 978-0-470-47989-6
Modalità Erogazione
Il corso consiste in 24 lezioni di 2 ore ciascunaModalità Frequenza
La frequenza è fortemente raccomandata poiché durante il corso gli studenti, su base volontaria, saranno chiamati a preparare ed esporre delle presentazioni orali di 45 minuti ciascuna su argomenti assegnati dal docente.Modalità Valutazione
La prova orale terrà conto della eventuale presentazione preparata ed esposta dallo studente durante lo svolgimento del corso